Soubor staré hudby Musica Aeterna vznikl v roce 1973 z iniciativy prof. Jána Albrechta. Jako první systematicky seznamoval budoucí profesionální hudebníky s hudbou období gotiky, renesance a baroka. Studium skladeb zmíněných období nakonec vyústilo ve zformování speciálního souboru staré hudby, který se v roce 1989 definitivně přeorientoval na hru na dobové nástroje ze 17. a 18. století, resp. jejich kopie. Evropská hudba a hudba středoevropské, respektive slovenské provenience 17. a 18. století je těžištěm repertoáru souboru, který byl v letech 1986 – 2005 včleněn do Slovenské filharmonie. Uměleckým vedoucím je Peter Zajíček.
Musica Aeterna kromě koncertů v Bratislavě a na Slovensku účinkuje pravidelně i v zahraničí, přičemž je třeba zdůraznit dlouholetou spolupráci s centrem barokní hudby ve Versailles, dále vystoupení na významných hudebních festivalech jako např. Festival van Vlaanderen, Holland Festival of Early Music Utrecht, Festival Wiener Klassik, Carinthischer Sommer Villach, Régi Zenei Napok Sopron, České mezinárodní slavnosti staré hudby Praha, Bach Tage Berlin, Bachfest Lipsko, Barockfest Münster, Swedish Baroque Festival, Bratislavské hudobné slávnosti a další festivaly v Bilbau, Granadě, Záhřebu, Varaždinu, Budapešti a jinde. Velkým úspěchem bylo koncertní turné po Mexiku a Guatemale. V roce 2009 – kromě jiných koncertů – soubor zahajoval mezinárodní festival ve francouzském Marseille – Abbey St. Viktor a poprvé spolupracoval s operou Slovenského národního divadla, na jehož půdě nastudoval a uvedl Haydnovu operu L´isola disabitata (Opuštěný ostrov). V roce 2014 se soubor úspěšně představil v Auditoriu Manuella de Fally v Granadě a na Dnech staré hudby v německém Herne, v roce 2015 hostoval v Rakousku, Portugalsku a Slovinsku. V 2016 – 2017 opakovaně hostoval na Zelenka festivale Praha – Drážďany, v rakouském Rohrau, Třebíčském hudobním festivale, v Brně a dalších českých městech. Už několik let Musica aeterna nabízí vlastní cyklus tématických koncertů pod názvem MUSICA CAMERALIS (s doprovodným slovem) a podzimní cyklus STARÁ HUDBA (s odborným výkladem Petera Zajíčka) v Pálffyho paláci. V roce 2011 odstartoval nový cyklus velikonočních koncertů Musica pasqua. Tři roky byl významným aktivním účastníkem bilaterálního slovensko-rakouského projektu Accentus Musicalis, věnovaného výzkumu a praktické výuce poučené interpretace, podpořeného programem příhraniční spolupráce SLOVENSKÁ REPUBLIKA – RAKOUSKO 2007 – 2013 Creating the future. Ve spolupráci s polským Szczawnickim Chórem už pátým rokem připravuje v obou republikách sérii koncertů pod názvem BAROKOVÉ EXPLORÁCIE. Druhý rok oživuje v Bratislavě a slovenských městech tradici díkůvzdání patronce hudby sv. Cecílii cyklem SANCTA CAECILIA.
Se souborem pravidelně spolupracují významní specialisté na starou hudbu: Christophe Coin, Paul Colléaux, Pascal Dubreuil, Richard Fuller, Martin Gester, Paul Goodwin, Edward Higginbottom, John Holloway, Jan Kleinbussink, Catherine Mackintosh, Charles Medlam, Siegfried Pank, Andrew Parrott, Christophe Rousset, Olivier Schneebeli, Stephen Stubbs, Simon Standage, Melvyn Tan, John Toll a mnozí další.
Z dosavadních více jak 40 nahrávek většina získala mimořádné ocenění, například Diapason d’Or v letech 1994 a 1995 za komplet Concerti grossi Georga Muffata, Classical Awards – MIDEM 2003 v Cannes v kategorii vokální hudba 17. a 18. století za nahrávku Sub olea pacis et palma virtutis J. D. Zelenku v spolupráci se souborem Musica Florea. V roce 2017 vydali CD s názvem Resonate & plaudite, Hudba z Bratislavy 17. století.
Rada Konference biskupů Slovenska udělila souboru v roce 2006 čestné uznání za osobitý přínos kresťanským hodnotám v kultuře na Slovensku.
Mezinárodní kritika vysoce hodnotí umělecké výsledky souboru, nejednou ho zařadila mezi nejlepší soubory svého druhu v Evropě.
